Особенности анализа генотипа лица мужского генетического пола без детекции «Y» при исследовании гена амелогенина

При использовании современных наборов химических реагентов для генотипоскопического исследовании ДНК проводится анализ гена амелогенина, по одной копии которого локализовано как на X-, так и на Y-хромосоме, в обоих случаях на коротком плече.

После электрофореза в исследуемых объектах должны отчетливо выявляться следующие специфические пики на электрофореграммах: один – для женской половой принадлежности (106 п.н., AmelX) и две – для мужской половой принадлежности (106 п.н. AmelX и 112 п.н. AmelY).

Наиболее современные наборы реактивов для амплификации аутосомных STR-локусов, таких производителей, как Promega Corporation, Applied Biosystems, QIAGEN, включают дополнительные гендерные локусы, локализованные на Y-хромосоме. Данные локусы (Y-Indel, DYS391 и пр.) расположены на длинном плече Y-хромосомы и добавлены в наборы реагентов для более корректной диагностики генетического пола в случае появления «ошибок» при анализе гена амелогенина, связанных с делециями в коротком плече Y-хромосомы.

Нами был изучен образец крови трупа гражданина К. (мужчина 50 лет, фенотипически – телосложение по мужскому типу, наружные и внутренние половые органы развиты в соответствии с соматическим полом). Для исследования локусов ядерной ДНК, выделенной из образца крови гражданина К., применяли полимеразную цепную реакцию, используя набор реагентов AmpFlSTR® GlobalFiler™, производства фирмы Applied Biosystems, США, в соответствии с прилагаемой к набору инструкцией. Реакцию амплификации проводили с помощью прибора GeneAmpPCRsystem 9700 фирмы Applied Biosystems, США. Разделение и детекцию флуоресцентно меченных амплифицированных фрагментов проводили с использованием прибора капиллярного электрофореза 3500 GeneticAnalizer, производства фирмы Applied Biosystems, США, в среде полимера POP4. Определение длин амплифицированных фрагментов и установление номеров аллелей проводили на основе внутреннего стандарта длины (GeneScan-600 LIZ Size Standard v 2.0) и входящего в набор реагентов аллельного леддера с помощью программного комплекса GeneMapper ID-Х.

При исследовании ДНК, выделенной из образца крови гражданина К., выявлены однои двуаллельные сочетания, в результате исследования пол специфичного сегмента амелогенинового гена (Amelogenin) выявлен только Х-специфичный фрагмент, что характерно для лица женского генетического пола, но при этом детектировались аллели локусов Y-Indel, DYS391. В зарубежной литературе данное явление описано как AMELY-negative males (AMELY-отрицательные мужчины).

Можно предположить два варианта для объяснения данного явления: мутацией в области посадки используемого праймера или делецией короткого плеча Y-хромосомы. В отечественной литературе частота затрагивающих ген AMELY делеций, их характеристики практически не описаны.

Для более полного установления генетических признаков гражданина К. нами использовался набор реактивов AmpF/STR® Yfller™ Plus PCR Amplification Kit (Applied Biosystems, США), который включает следующие локусы: DYS576, DYS389I, DYS635, DYS389II, DYS627, DYS460, DYS458, DYS19, YGATAH4, DYS448, DYS391, DYS456, DYS390, DYS438, DYS392, DYS518, DYS570, DYS437, DYS385 a/b, DYS449, DYS393, DYS439, DYS481, DYF387S1, DYS533.

При этом в коротком плече локализованы такие локусы, как DYS576, DYS458, DYS456, DYS570, DYS393, DYS481, DYS449, DYS19; последний расположен ближе к центромере.

При анализе гаплотипа Y-хромосомы у гражданина К. установлено, что отсутствуют аллели в локусах DYS576, DYS458, DYS481, DYS449, при условии, что аллели некоторых локусов, расположенных в коротком плече, и аллели локусов, расположенных в длинном плече Y-хромосомы, детектировались на электрофореграмме без особенностей. Таким образом, можно сделать вывод, что у гражданина К. отсутствует участок Y-хромосомы между расположением локуса DYS570 с одной стороны и DYS19 с другой стороны, включающий локализацию гена амелогенина.

Приведенный нами пример из экспертной практики при дополнительном изучении с набором реагентов для анализа STR-локусов Y-хромосомы следует описать в исследовательской части экспертного заключения как вариант делеции фрагмента короткого плеча Y-хромосомы. С точки зрения прикладного значения, стоит отметить, что подобные делеции значительно ограничивают возможности популяционных исследований при установлении территориальноэтнической принадлежности субъекта, поскольку число исследованных локусов существенно ограничивается. Данное явление встречается довольно редко в практике экспертно-криминалистических исследований, что дает возможность в более категоричной форме высказываться о тождестве (след–след или след–лицо) при сравнительном исследовании объектов, генотипы которых установлены только по STR-локусам Y-хромосомы. Нам представляется актуальным дальнейшее накопление подобных примеров с целью уточнения сведений о частотах встречаемости делеций Y-хромосомы в отдельно взятых регионах Российской Федерации.